Още от самото си създаване,  Военномедицинска академия – МБАЛ София е акредитирана като база за следдипломно обучение на специализанти. Със заповед на Министъра на здравеопазването от 29.01.2018г., ВМА получи акредитационна оценка „отлична” за срок от 5 години, за практическо обучение по четири военномедицински  и над 45 граждански специалности.