Научноприложният център по военна епидемиология и хигиена - ВМА реализира политика по ведомствен здравен контрол на територията на Министерство на отбраната, структурите на пряко подчинение на министъра на обраната и Българската армия (МО, СППМО и БА).

Осъществяване на ведомствен здравен, хигиенен и противоепидемичен контрол в обекти на МО, СППМО и БА; поддържане в готовност на екипи за извършване на хигиенни и противоепидемични мероприятия, с цел участие в овладяване и/или преодоляване на последиците от бедствия и за противодействие на тероризма.

Ведомственият здравен контрол на територията на МО, СППМО и БА се извършва чрез следните дейности:

1. Епидемиологичен надзор, контрол и анализ (реакция при епидемични ситуации, контрол на вътреболничните инфекции в лечебните заведение на МО, имунизационна дейност и т.н.);

2. Регистрация и контрол на обектите за производство, преработка и/или дистрибуция на храни, разположени в обекти със специален пропускателен режим в МО, СППМО и БА;

3. Проверка чрез контролен мониторинг, съответствието на водата от собствени водоизточници и/или на питейната вода подавана към военните формирования/структури, по показатели за качество, определени в Наредба № 9 от 16 март 2001 г. за качеството на водата, предназначена за питейно - битови цели;

4. Предварителен и текущ контрол на вода от плувни басейни, съгласно изискванията на Инструкция № 34 за хигиената на спортните обекти и екипировка;

5. Измервания на физични фактори и анализ на химични агенти в работна среда;

6. Ведомствен здравен контрол на радиационни параметри на работната среда;

7. Вземане на проби от храни и извършване на анализи, изпитвания и диагностика за целите на контрола;

Трудово - медицинско обслужване на военнослужещите и цивилните служители от МО, СППМО и БА с цел осигуряване на здравословни и безопасни условия за изпълнение на военната служба от военнослужещите и при полагане на труд от цивилните служители.