Основните задачи в дейността на Катедра "Военна медицина" са:

• Да разработва теоретичните и методичните основи на организацията на медицинското осигуряване на войските в мирно време и при провеждане на операции.
• Да служи като база за обучение и провежда обучение за придобиване на специалност с медицинските офицери и лекари-цивилни служители от Въоръжените сили по следните военномедицински специалности: „Военномедицинско планиране”, „Военномедицинско снабдяване”, „Превантивна военна медицина”.
• Да провежда обучение на курсанти, обучаващи се за военни лекари, по следните учебни дисциплини: „Организация и тактика на медицинската служба“, „Превантивна военна медицина“, „Военномедицинско снабдяване“, „Военномедицинска администрация и мениджмънт“ и „Управление на ресурсите“.
• Участие в учебния процес на цивилни и военни парамедици, обучаващи се в Център за професионално обучение – ВМА, както и при подготовката на бойни санитари, медицински екипи за мисии и други категории медицински и немедицински състав.

• Да провежда обучение на докторанти по докторска програма „Организация и тактика на медицинската служба“.
• Да организира и провежда военномедицинска подготовка на новоназначени офицери - медицински специалисти. 
• Да разработва необходимите учебни материали (лекции, учебни пособия, медико-тактически задачи, учебни програми, тестове, учебници и други) за осъществяване на учебния процес и за подпомагане подготовката на обучаемите.
• Да провежда тематични курсове по линия на следдипломната квалификация по актуални проблеми на военната медицина с военни лекари, с медицински офицери и сержанти от резерва и с  медицински специалисти-цивилни служители от ВС на Република България
• Да провежда обучение за повишаване квалификацията на определени категории военномедицински състав, както и на медицински специалисти от гражданското здравеопазване (лекари, стоматолози, фармацевти и медицински сестри) по здравен мениджмънт, клинична и  болнична фармация, медицинска и военномедицинска етика, съгласно приетите учебни програми.

• Да участва в разработването на документи, регламентиращи дейността на медицинската служба на Въоръжените сили, на медицински комплекти, щатове, стъкмителни таблици и др.
• Да участва в разработването на необходимите материали и в провеждането на учебно-мобилизационни сборове, командно-щабни и военномедицински учения
• Да оказва учебно-методична и консултативна помощ на медицинските експерти от щабовете на видовете въоръжени сили, военните формирования и военните болници, по въпорсите на организацията на предоставяне на медицинска помощ
• Да организира и провежда самостоятелна и съвместна научно-изследователска работа (разработване на дисертации, провеждане на научни проучвания, изготвяне на статии, доклади и съобщения) по актуални проблеми на медицинското осигуряване на войските в мирно и военно време в следните области на военномедицинската и медицинската науки: „Организация и тактика на медициската служба”, „Военномедицинско снабдяване”, „Превантивна военна медицина”, „Медицинска информатика и здравен мениджмънт”, „Медицинска и военномедицинска етика“.
• Да участва в организирането и осъществяването на международно сътрудничество в областта на военномедицинската наука.
• Да участва в процеса на ратифициране и прилагане на военните стандарти на НАТО в областта на военната медицина, както и на военната терминология.

• Да организира и провежда самостоятелна и съвместна научно-изследователска работа (разработване на дисертации, провеждане на научни проучвания, изготвяне на статии, доклади и съобщения) по актуални проблеми на медицинското осигуряване на войските в мирно и военно време в следните области на военномедицинската и медицинската науки: „Организация и тактика на медициската служба”, „Военномедицинско снабдяване”, „Превантивна военна медицина”, „Медицинска информатика и здравен мениджмънт”
• Да участва в организирането и осъществяването на международно сътрудничество в областта на военномедицинската наука
• Да участва в процеса на ратифициране и прилагане на военните стандарти на НАТО в областта на военната медицина, както и на военната терминология 

Секция “Организация и тактика на медицинската служба ” провежда подготовката на специализантите по „Военномедицинско планиране“, обучение на редица категории военномедицински състав по цялостната организация на военното здравеопазване (за команден състав) или по  отделни такива въпроси (за останалите длъжностни лица в медицинската служба на армията), както и обучение на курсанти, обучаващи се за военни лекари.

Секция “Превантивна военна медицина” провежда подготовката на специализанти и курсанти по „Превантивна военна медицина”. Обучава и някои категории медицински и военномедицински състав по епидемиология и профилактиката на инфекциозните болести.

Секция “Военномедицинско снабдяване и здравен мениджмънт” провежда подготовката на специализанти и курсанти по „Военномедицинско снабдяване”. Тук се обучават също и някои категории медицински специалисти от военното и гражданското здравеопазване по здравен мениджмънт и болнична фармация. Тази дейност на секцията е насочена към повишаване квалификацията, необходима за заемане на ръководни длъжности в съответните нива от организационната структура на военномедицинската служба и в гражданската здравна система. Провежда се и обучение по медицинска и военномедицинска етика.

Катедрата използва специализиран софтуер, свързан с обучението по „Организация и тактика на медицинската служба”:

Tactical English for Land Forces in Peace Support Operations - програмата обучава курсистите на използванта лексика при провеждане на мироопазащи военни операции, което е необходимо за добра комуникация при изпълнение на задачите

International Law for Conflicts, War and Crisis response Operations - софтуерът повишава познанията на курсистите в областта на международното хуманитарно право на въоръжените конфликти и операциите в отговор на кризи.