Основите на Военномедицинска академия (ВМА) са положени на 1 декември 1891 г. На този ден влиза в сила Заповед на военния министър № 439 от 19.11.1891 г. за създаване на Софийска обща гарнизонна болница. За неин първи началник е назначен д-р Георги Золотович, лекар на Военното училище, участвал в изготвянето на законопроекти за здравеопазването и един от основателите на Българския лекарски съюз. От 1.01.1893 до края на 1918 г. тя съществува като Първа софийска дивизионна болница, със 100 войнишки и 10 офицерски легла. В една от първите публикации по въпросите на военната медицина от 1893 г. "Няколко думи върху нашите военни болници", санитарният майор Игнат Барбар препоръчва столичната дивизионна болница "да е образец във всяко отношение". Тази мисъл за образцово справяне с поставените задачи не престава да съпътства историята на ВМА от създаването й до днес. За превръщането й в реалност допринасят работещите там военномедицински чинове и началниците от този първи етап на нейното развитие – възрожденските лекари и санитарни офицери Луиджи Понтара, Йосиф Любенов, Димитър Киранов, Иван Бацаров, Тодор Илиев, Тодор Попов.

По време на Балканската война 1912-1913 г. Първа софийска дивизионна болница работи като клон на Разпределителната болница в София. В нейния състав влизат общо 18 лекари, 8 студенти медици и 57 самарянки. По време на войната в новата й сграда се настанява Австрийска санитарна мисия, чиято цел е да подпомогне работата с лекари и медицински сестри. По това време завеждащ е д-р Асен Петров, един от основоположниците на съвременната медицина в България. Пристигналата отново през Първата световна война (ноември 1915 г.) Австрийска санитарна мисия снабдява военната болница с материали, инструменти, стерилизатори, рентгенов апарат, водни легла, механоелектро апарати, което повишава нивото на медицинското обслужване.

С влизането в сила на новите мирновременни щатове за началник на Общоармейската военна болница в София е назначен подп. д-р Рачо Ангелов – дивизионен лекар на 1-ва софийска пехотна дивизия. През 1919 г. той, заедно с директора на Народното здраве д-р Иван Кесяков и пом.-началника на военносанитарната част във войската подп. д-р Тодор Попов участва в изготвянето на проект за временно използване на държавните болнични заведения, включително и на Общоармейската военна болница, за нуждите на новооткрития Медицински факултет в София.

В началото на 30-те години военните лекари имат възможност да насочат вниманието си към проблемите на войската в мирно време. През 1932 г. се прави първата категоризация на професионалните заболявания в армията. От 1936 г. до 1945 г. началници на болницата са: кап. д-р Емануил Геков, подп. д-р Стефан Даскалов, подп. д-р Лудвиг Стрибърни, полк. д-р Иван Щърбанов.

По време на Втората световна война, за нуждите на българските войски на фронта (октомври 1944 – април 1945), болницата формира три армейски хирургически болници. След демобилизирането на Първа българска армия, от април 1945 г.. за началник на болницата е назначен полк. д-р Веселин Николов, който остава на тази длъжност до януари 1946 г. След него началници на Общовойсковата болница са полк. д-р Август Милчев и полк. д-р Иван Иванов.

През 1946 г. се създава ново медицинско учреждение за военните чинове в София – Общовойскова поликлиника, с началник полк. д-р Райко Радевски. 4 години по-късно е обединена с болницата под ръководството на полк. д-р Костадин Стоянов. През 1954 г., на базата на съществуващия от 1945 г. Общовойскови хигиенен институт в Овча купел, се създава и  Научноизследователски военномедицински институт с началник полк. проф. Здравко Мицов. Като специализиран институт към Българската армия (БА) на него се възлага разработването на различни аспекти на медицинската защита на войските и населението.

През периода 1951-1960 г. началници са полк. д-р Любен Ангелов, полк. д-р Марин Кътов и полк. д-р Борис Ангелов.

На 12.08.1960 г., с Постановление № 196 на Министерски съвет, се създава Висшият военномедицински институт (ВВМИ). Той обединява Научноизследователския военномедицински институт в Овча купел (София), Общоармейската болница (София) и Отдела за военномедицинска подготовка към Медицинско управление при Министерство на народната отбрана (МНО). ВВМИ позволява, наред с основната лечебно-диагностична дейност, да се разширят възможностите за специализация и усъвършенстване на медицинските офицери, подготовка на медици за нуждите на армията, както и за разработване на научни проблеми, свързани с медицинското осигуряване на войските в мирно и военно време.

От 1960 г. до 1988 г. началници на ВВМИ са: полк. проф. Генчо Кръстинов, полк. проф. Атанас Малеев, полк. проф. Николай Купенов, ген. м-р доц. Иван Хариев, ген. м-р д-р Васил Герганов, полк. проф. Йовчо Топалов.

Със създаването на ВВМИ през 1960 г. и построяването на новата сграда през 1980 г., се извършват редица структурни промени и подобрения във военното здравеопазване, които издигат института до нивото на най-престижните медицински учреждения в страната. Израз на изградения авторитет и признание за дейността на ВВМИ е издаденият Указ № 546, с който от 07.04.1989 г. към Министерството на отбраната се създава Военномедицинска академия – като единен лечебен и учебно-научен комплекс със задача да развива военномедицинската наука и да провежда обучение, специализация и усъвършенстване на военномедицинските кадри. Съставни звена на ВМА тогава са: ВВМИ, Военноморска болница – Варна, Обединен авиомедицински научноизследователски институт – София и Първа клинична болница “Д-р Кирил Хавезов” (днешната Университетска болница “Лозенец”). Така в академията се съсредоточава лечебната, научната и учебната дейност по проблемите не само на сухопътните войски, но и тези, касаещи военновъздушните и военноморските сили. През 1990 г., със създаването на звеното си за спешна помощ, ВМА е свързана със системата на националното здравеопазване и успешно се нагърбва с мисията да обслужва както военния контингент, така и цивилното население.

В периода след 1989 г. началници на ВМА са: генерал-майор проф. Йовчо Топалов, генерал-майор проф. Григор Мечков, ген. майор доц. Никола Александров, полк. проф. Милан Петров, бригаден генерал доц. Румен Златев, генерал-майор проф. Стоян Тонев, проф. д-р Николай Петров. Днес начело на Военномедицинска академия е бригаден генерал проф. д-р Венцислав Мутафчийски, д.м.н., FACS.

Днес ВМА обединява пет многопрофилни болници за активно лечение – в София, Пловдив, Варна, Плевен, Сливен; две за продължително лечение и рехабилитация – в Банкя и Хисаря; десетки медицински пунктове в поделенията на Българската армия, Научноприложен център за военномедицинска експертиза,  авиационна  и морска медицина; Военномедицински отряд за бързо реагиране, Научноприложен център за военна епидемиология и хигиена – София,  с филиали в Пловдив, Сливен и Варна; Научноизследователски център за радиологична, биологична и химическа защита и Център по психично здраве и превенция. Създадена преди повече от век само за нуждите на военнослужещите от Софийския гарнизон, Академията се превръща в една от най-иновативните болници в България и днес е отворена за всички.