Още от самото си създаване МБАЛ-София към Военномедицинска академия е акредитирана като база за следдипломно обучение на специализанти. Със заповед на Министъра на здравеопазването № РД-01-557 от 02.11.2022 г. ВМА получи акредитационна оценка „отлична” за срок от 5 години, за практическо обучение по 5 военномедицински  и над 45 граждански специалности.

        МБАЛ-София към Военномедицинска академия има сключени договори за регистриране на специализанти със следните университети:

• Софийски университет "Свети Климент Охридски"
• Медицински университет - Варна "Проф. д-р Параскев Стоянов"
• Медицински университет - София